Hwaeomsa se atribuye tradicionalmente al maestro Yeongi en 544, durante el reinado del rey Seong de Baekje. Más tarde se desarrolló como centro de la tradición Hwaeom en Silla Unificada.
El año 544 se presenta como tradición, no como fecha documental segura. El conjunto actual reúne reconstrucciones de distintas épocas y fue declarado Sitio Histórico en 2009.