Según la estela fundacional del templo, en agosto del año 749 apareció un barco de piedra frente a la costa de Sajapo. Cuando el monje Uijo y unos cien discípulos se purificaron y bajaron a la orilla, se dice que el barco llegó a la playa por sí solo. La leyenda fundacional en sí misma es difícil de verificar como hecho histórico , pero lo que sí es seguro es que esta historia ha moldeado la identidad del templo a través de la tradición oral durante más de 1.200 años. El templo ardió durante la guerra Jeongyu (la segunda invasión japonesa de 1597), fue reconstruido al año siguiente, en 1598, por el monje Manseon, y sufrió una reparación adicional en 1754.
En la Joseon tardía, una sucesión de monjes eminentes residió aquí, y el prestigio del templo creció en consecuencia —un legado hoy visible en sus 28 estupas y 5 estelas conmemorativas. Solo uno de los dos campos de estupas del templo alberga 26 estupas junto con cinco estelas dedicadas a monjes eminentes conocidos como Seolbongdang, Songpa, Geumha, Nangam y Byeokha. Sin embargo, la mayoría de quienes visitan hoy Mihwangsa piensan primero, no en la leyenda fundacional ni en los campos de estupas, sino en la silueta de la cresta del monte Dalmasan, que enmarca el templo como un biombo. Un templo que comenzó con la leyenda de un barco que cruzó el mar es hoy recordado, en cambio, por la forma de una montaña.