据寺庙的创建碑记载，公元749年8月，一艘石船出现在狮子浦近海。发现这艘船的义照和尚率约百名弟子沐浴斋戒后来到海边，石船便自行靠岸。这一创建传说本身作为史实难以考证，但可以确定的是，一千二百多年来，这个故事一直通过口耳相传塑造着这座寺庙的身份认同。寺庙曾在丁酉再乱（1597年）中被焚毁，次年即1598年由僧人万善重建，1754年又经历了一次修缮。
朝鲜后期，历代高僧相继驻锡于此，寺庙的地位随之提升——如今寺内的28座浮屠（僧人墓塔）和5座纪念碑石便是这段历史的见证。寺内两处浮屠群中，仅其中一处就集中了26座浮屠，以及雪峰堂、松坡、锦河、朗岩、碧霞等高僧的5座纪念碑。然而，如今大多数造访美黄寺的游客，首先想到的既不是创建传说，也不是浮屠群，而是达摩山如同屏风般环绕寺庙的山脊轮廓。一座以渡海之船的传说开始的寺庙，如今却因一座山的形状而被人们记住。