두동교회는 1923년 5월, 신자 박재신의 사랑채를 임시 예배당으로 삼으면서 시작됐다. 6년 뒤인 1929년, 교인들은 지금의 자리에 정식 본당을 지었는데, 그 형태가 독특하다 — 위에서 보면 'ㄱ'자를 이루는 한옥식 교회로, 남자 신자석과 여자 신자석을 서로 마주 보이지 않는 두 방향으로 나눠 배치했다.
이 구조는 남녀가 유별해야 한다는 유교적 관습과, 모든 신자가 함께 예배를 드려야 하는 서양 종교의 요구가 충돌한 끝에 찾아낸 절충안이었다. 전국 각지에 이런 ㄱ자형 예배당이 여럿 세워졌던 시기가 있었지만, 지금까지 남아 있는 것은 전북 김제의 금산교회와 이곳 두동교회 구본당, 단 두 곳뿐이다. 두동교회 구본당은 1964년 새 예배당이 지어질 때까지 본당으로 쓰였다. 지금 이 건물 앞에 서면, 서양에서 들어온 낯선 종교가 조선의 오래된 관습과 정면으로 부딪히지 않고 건축이라는 형태로 타협점을 찾아낸 흔적을 눈으로 확인할 수 있다.