정약용을 신임했던 정조가 세상을 떠나자, 반대파 신하들의 모함을 받은 정약용은 투옥된 뒤 유배형에 처해졌다. 그의 유배 생활은 1801년부터 1818년까지 무려 18년간 이어졌고, 이 가운데 후반부인 11년가량(1808~1818)을 강진의 다산초당에서 보냈다. "다산초당"이라는 이름 자체가 원래 이곳이 초가 형태였던 데서 유래했다.
역설적이게도, 관직에서 쫓겨나 모든 권한을 박탈당한 이 시기가 정약용에게는 가장 왕성한 저술 활동의 시기가 됐다. 그는 이곳에서 지방관이 갖춰야 할 마음가짐과 통치술을 담은 『목민심서』, 국가 제도 개혁안을 담은 『경세유표』, 형사 사건 처리 원칙을 다룬 『흠흠신서』를 비롯해 무려 500여 권에 달하는 저술을 남겼다. 이 가운데 『목민심서』는 이후 조선 후기 지방 행정의 실질적인 지침서로 널리 읽히며, 지금까지도 한국에서 공직자의 자세를 논할 때 가장 자주 인용되는 고전 중 하나로 남아 있다. 권력에서 완전히 배제된 한 지식인의 유배가, 역설적으로 그를 조선 최고의 실학자로 완성시킨 셈이다.