据传，海南乡校创建于1398年，即朝鲜太祖在位的第七年。虽然确切的创建年代仍有争议，但史料相对清楚地记载，1482年（成宗十三年），乡校从原址迁至今天海南邑旧校里的位置。乡校是国家设立的地方教育机构，既要祭祀孔子及历代圣贤，又承担着教育和教化地方民众的职能——这是朝鲜五百年间在全国各地兴建的众多乡校之一，海南也有属于自己的一座。
1549年（明宗四年），县监与海南当地的两班士族主持，将供奉圣贤牌位的大成殿从原址迁到高出十步的地方，并加以重建。次年，即1550年，供学生讲学的明伦堂也一并重修，乡校建筑群的整体格局至此才算完备。将供奉圣贤的空间迁往更高之处，很可能反映了那个时代想要提升祭祀空间等级的意识。 此后近六百年间，这个地方基本未曾改变，海南乡校大成殿至今仍定期举行释奠祭礼。