임진왜란이 터지기 불과 1년 전인 1591년, 이순신은 전라좌수영의 절도사로 부임했다. 전라좌수영은 지금의 여수를 본영으로 삼은 조선 수군의 좌측 방어선 사령부였다. 이순신은 부임 후 "진해루"라는 누각에 머물며 왜군의 침입에 대비해 함대를 정비하고 거북선을 준비했다. 훗날 임진왜란 해전사에서 이순신이 거둔 연전연승은, 바로 이곳에서 시작된 준비의 결과였다.
전쟁의 2차 국면인 정유재란(1597~1598년) 때 진해루는 불타 사라졌다. 전쟁이 끝난 이듬해인 1599년, 삼도수군통제사 이시언이 진해루가 있던 자리에 새로운 객사를 세우고 "진남관"이라 이름 붙였다. 이 건물은 1963년 보물 제324호로 지정됐다가, 2001년 국보 제304호로 승격됐다. 오늘날 진남관은 한국에 남아 있는 단층 목조건물 가운데 가장 규모가 크다. 2025년까지 10년에 걸친 보수 공사를 거쳐 다시 문을 열었다. 이순신이 전쟁을 준비하며 마지막으로 머물렀던 그 자리에, 지금은 조선 목조건축의 규모를 가늠할 수 있는 가장 큰 건물이 서 있다.