임진왜란이 끝난 지 3년 뒤인 1601년(선조 34년), 훗날 영의정에 오르는 이항복이 왕명을 받아 통제사 이시언에게 지시해 이순신을 기리는 사당을 세웠다. 사당이 완성되자 당시 좌의정이던 김상용이 선조에게 이름을 내려달라고 청했고, 선조는 직접 "충민사"라는 이름을 새긴 현판을 하사했다. 이는 국가가 공식적으로 이순신을 기리며 사당에 이름을 내린 첫 사례였다.
충민사가 갖는 의미는 단순한 "최초"에 그치지 않는다. 충민사(1601년)는 통영 충렬사(1606년 창건)보다 앞서고, 아산 현충사(1706년 창건)보다 약 100년 이상 앞선다. 즉 이순신을 국가적 영웅으로 추앙하는 전통이, 그가 마지막까지 지휘했던 통영이나 그의 고향에 가까운 아산이 아니라, 전쟁을 준비했던 첫 근거지 여수에서 가장 먼저 시작됐다는 뜻이다. 충민사에는 이순신을 중심으로, 노량해전에서 함께 전사한 이억기와 안흥국이 좌우로 배향돼 있다. 오늘날 이순신을 기리는 사당과 유적은 전국 곳곳에 있지만, 그 모든 추모의 역사가 시작된 자리는 바로 이곳, 여수 웅천동이다.