나주목사내아는 조선시대 나주목에 파견된 지방관, 즉 목사가 실제로 거주하던 살림집이다. 관리가 업무를 처리하던 공식 집무 공간인 동헌과 달리, 내아는 사적인 생활 공간이었다. 이 건물에는 "금학헌"이라는 별도의 이름이 붙어 있는데, 이는 "거문고 소리를 들으며 학처럼 고고하게 살고자 하는 선비의 지조가 깃든 집"이라는 뜻을 담고 있다.
건물의 정확한 건립 시기는 안채 상량문을 통해 확인할 수 있다. 순조 25년인 1825년 7월 1일 주춧돌을 놓고, 같은 달 20일에 상량했다는 기록이 남아 있다. 앞쪽에 툇마루를 둔 ㄷ자형 구조로, 앞면 3칸 규모이며 지붕은 옆에서 보면 여덟 팔(八)자 모양을 이루는 팔작지붕이다. 현재는 본채와 문간채만 남아 있다. 관리의 사적 거주 공간에까지 "고고한 선비의 지조"라는 뜻을 새겨 넣은 이 작명은, 실제 삶이 그 이상에 얼마나 부합했는지와는 별개로, 조선 관료 문화가 스스로에게 요구했던 이상이 무엇이었는지를 보여준다.