壬辰战争结束三年后的1601年（朝鲜宣祖三十四年），日后官至领议政的李恒福奉王命，指示水军统制使李时言修建了一座纪念李舜臣的祠堂。祠堂建成后，时任左议政的金尚容上奏请求宣祖赐名，宣祖亲自赐名"忠愍祠"，并将此名镌刻于木匾之上。这是朝鲜王朝首次以国家名义正式为纪念李舜臣的祠堂赐名。
忠愍祠的意义不仅止于"第一座"这个头衔。忠愍祠（1601年）早于统营的忠烈祠（1606年创建），比牙山的显忠祠（1706年创建）更是早了约一百多年。换句话说，将李舜臣奉为民族英雄的传统，最早并非始于他指挥到最后一战的统营，也不是始于他故乡所在的牙山附近，而是始于这里——他备战出征的第一个据点，丽水。忠愍祠中，李舜臣居中受供，两侧分别配享在露梁海战中与他一同战死的李亿祺与安兴国。今天，纪念李舜臣的祠堂与遗迹遍布全国各地，但整个尊崇他为民族英雄的传统，其源头都可以追溯到丽水熊川洞的这一处地方。